本州に固有に分布する小型のドジョウ類で、湧水を水源とする細流、湿原や水田周りの小溝に生息する。湧水の枯渇、圃場整備、過度の農薬散布、宅地化により各地で急減している。

体は細長く円筒形で、背鰭は腹鰭と対在するか後方にある。小型で最大全長は雌雄とも約80mm、吻は短く、眼は大きい。髭の数は４対、鰭条数は背鰭iii＋6〜7、臀鰭iii＋5、縦列鱗数は91〜117、ウェーバー器官支持椎体を含む総脊椎骨数は32〜34。体と鰭は茶褐色の他に暗色斑点は散在する。下顎は腹側に１対の黒斑を備える個体もある。同属のナガレホトケドジョウ（Lefua sp.）とは体形や斑紋のパターン、および生息場所の違いにより識別できる。

青森県を除く東北地方から近畿地方までの本州に分布する。国外からは報告されていない。

冷水性の底生魚で、水温が27℃を超えると弱る。湧水を水源とする細流、湿原や水田周りの小溝に生息する。とくに、やや開けた流れの緩やかな場所の砂泥底に多い。静岡県、京都府、兵庫県ではホトケドジョウとナガレホトケドジョウが同一水系内ですみわけ、それぞれが生態学的特性に合わせた場所に生息する。一般に、成長は１年で全長３〜４cm、２年で４〜７cmに達するものと思われる。産卵期は３〜７月で、メス親は水草に卵を産みつける。仔魚は孵化後すぐには着底しないで、全長約20mmになるまで底近くを浮遊している。底生小動物を中心とする雑食性。初期餌料としてかならずしもワムシを必要とせず、飼育下ではアルテミアと微粒子飼料で飼育が可能である。多くは１年で成熟するが、個体によっては２年目で成熟するものもある。

現在までのところ、宮城県白石川、栃木県利根川、群馬県利根川水系西田川、埼玉県荒川・越辺川、茨城県白村川水系深川・山田川水系左支川・蛇尾川、千葉県養老川・印旛沼周辺、東京都多摩川、神奈川県鶴見川・帷子川・大岡川・清水川・田越川・神戸川・滑川・相模川・花水川・境川・葛川・引地川・中村川、新潟県長岡市（模式産地）、山梨県富士川、静岡県狩野川・都田川、愛知県西加茂郡・矢作川、三重県安濃川・雲出川・宮川、滋賀県琵琶湖周辺、京都府鴨川・綾部市周辺、および兵庫県加古川から記録されている。分布域の縮小率は正確には把握できないが、分布域は確実に小さくなっている。

分布情報：２次メッシュ数：236、３次メッシュ数：454（ 生物多様性調査動物分布調査）

地方分化が進んでいるが、地方個体群別の個体数の動向は不明。生息地の減少から判断して個体数も減少していることは間違いない。

かつての生息地の多くは宅地化や圃場整備により消失している。

湧水の消失や、水田周りの小溝のＵ字構化にともない、全国的に減少している。静岡県小山町付近の酒匂川上流域では、1960年代までどの小溝にも多数見られたが、1970年代に入ると急減した。日本の農薬製剤生産量は戦後増え続け、1974年に約75ｔのピークに達している。現存の個体は、農薬の影響が軽微な扇頂部付近の山林との境目に集中する。時期的な一致から、農薬の過剰散布（32）も急減の一因と見なせる。

本種は遺伝的にも形態的にも区別されるいくつかの地方個体群に細分され、それぞれが亜種に相当するものと思われる。今後、分類学的な整理が必要である。

神奈川県と岐阜県では本種の生息地復元を目的としたビオトープの造成がなされている。また、農林水産省農村振興局では本種を指標とした水田の生物多様性保全施策が立案されている。